U.C.0084年，达拉兹之乱被平定后，地球圈在联邦政府的统治下仍呈现出极不稳定的局面。由于提坦斯的残暴镇压，地球圈并未出现大规模冲突，但提坦斯的残暴手段以让人忍无可忍。U.C.0085年7月31日，发生了30号卫星事件：由于提坦斯的暴政，SIDE2发生了民众集体抗议暴政的活动，提坦斯向抗议最集中的30号殖民卫星注入了巨毒的G3瓦斯，使五百余万无辜民众丧生，这是提坦斯的暴行中最残无人道的一次。终于，由布列克斯准将发起的“反地球联邦组织”成立，定名“奥古”(简称A.E.U.G.)。一年战争中的风云人物夏亚在失踪多年后，化名为古华多罗重返地球圈加入了奥古，并取得了大尉的官衔。在日益激化的冲突中，吉恩势力再次崛起，小行星基地阿克西斯在哈曼·嘉的领导下，于0086年2月向地球圈进发，战乱的阴影再次笼罩着地球圈。
U.C.0087年3月2日，提坦斯的新兵器高达MK-2开发完成，得到这一消息的奥古方面决定实行“MK-2强夺作战计划”。MK-2是在高达GP-01的基础上开发出的MK系列机体，火力、装甲以及机动性都有了一定的提高，在Z高达未开发前是最强的机体之一。由于在港口受到了提坦斯少尉尊尼的侮辱，因此对提坦斯怀恨在心的卡缪在当古华多罗大尉等人来夺取MK-2时，从提坦斯手上抢走了一台MK-2加入了奥古。卡缪·维达是一名NEW TYPE，其NEW TYPE能力比阿姆罗和夏亚还强，且拥有心灵感应的能力，他与阿姆罗一样亦是一位少年机械专家。之后，年轻的女机师艾玛中尉以及一年战争时白色要塞木马号的舰长布拉度中佐也因对提坦斯种种恶行的不满，离开了提坦斯加入了奥古。
丢失了新型机的提坦斯对奥古的旗舰——亚加玛号发动了多次进攻，想要抢回高达MK-2，但古华多罗毕竟是一年战争时的王牌机师，其实力自不用说，又加上卡缪在战斗中的快速成长，提坦斯一次又一次的无功而返。最后，提坦斯使出了最卑鄙的手段，就是利用卡缪的母亲作为人质要奥古交还高达MK-2。在这场战斗中卡缪目睹了母亲被尊尼射杀，因此卡缪与尊尼的仇恨已无法化解，在之后的多次战斗中已经快速成长的卡缪将尊尼的战友、知己一个个的消灭，加上尊尼自己亦被卡缪屡次击败，而对他恨之入骨。就这样，一对永远的死敌就此产生。
顺利逃出提坦斯部队追击的亚加玛号汇合了奥古的主力部队，发动了对联邦军在南美亚玛逊的查布罗基地，之后又对联邦军控制的香港城发动了进攻。在战斗中卡缪的潜力被一点点的发觉出来，在战场上一天比一天显示出了他的强大，也许正因如此，悲惨的命运总是离不开他。在地球上卡缪遇到了一年战争时的另一个风云人物——白色高达的驾驶员阿姆罗，在与阿姆罗的交谈中，卡缪也领悟到了一些道理。屡战屡败的提坦斯开始设立NT研究所，进行强化人间的开发与研究。数周后，第一位强化人间少女凤诞生了，之后另一位强化人间少女罗莎美亚也强化完成。在闹市区中，卡缪与凤相遇，两人开始了注定没有结果的相爱。之后，卡缪又遇到了自称是他妹妹的罗莎美亚，罗莎美亚给卡缪带来了家卡缪已遗忘很久了的家的温暖。但不幸的是在之后的战争中被提坦斯控制的罗莎美亚不断地进攻亚加玛号，最后卡缪亲手将她杀死了。
为了应付更加残酷的战争，奥古方面决定开发新型机体。在卡缪的设计基础上，由亚加玛号上的高级技师斯特拉奇担任系统工程师，在月面军事企业阿纳海姆社中开始实行Z计划。数月后，新型机Z高达、百式以及麦达斯开发完成。Z高达：型号为MSZ—0062，可变形，机动性极高，除了常规武器小型麦加粒子粒子炮和电光剑外，还搭载了远程对舰用大功率中型麦加粒子炮，由卡缪亲自设计亲自驾驶的最强力机体之一。百式：型号MSN—100型，Z计划的产物，机身为醒目的金黄色，由于很容易被敌人发现，因此它的机动性极高，装甲采用了特殊合金，除了常规武器外还设计了辅助武器——对舰用超大型麦加粒子炮，由古华多罗驾驶。麦达斯：型号为MSA—005，同样是Z计划的产物，可变形，由与卡缪青梅竹马的少女花园丽驾驶。在Z高达成为卡缪的专用机后，高达MK-2由艾玛驾驶。
装备一新的奥古正要大显身手时，谁知一个个的坏消息接踵而至。
U.C.0087年8月17日，奥古的领导人布列克斯准将遇刺身亡，紧接着在24日，提坦斯开始实行对月面都市克拉纳达的殖民星降下作战。眼看数以百万计的生命就要丧生，卡缪和亚加玛号上的战友们一起，和宿敌尊尼以及提坦斯军再次展开殊死搏斗，终于阻止了悲剧的发生。再次被卡缪击败的尊尼变得更加急躁，于是他埋伏在了SIDE 2宙域，准备对奥古的旗舰亚加玛号进行突袭。然而，卡缪又出现在了他的面前，眼看尊尼命在旦夕，尊尼的恋人玛亚为救心爱的人，挡在了尊尼的机体前承受了Z高达发出的致命一击。
U.C.0087年10月12日，奥古军又得到了一个不幸的消息，由哈曼·嘉率领的阿克西斯已经进入了地球圈。腹背受敌的奥古军不得不与阿克西斯会面交涉，继任奥古指挥官的古华多罗来到了阿克西斯与哈曼会谈，但遭到了一直爱慕着他的哈曼的冷嘲热讽，最终哈曼同意暂时不与奥古为敌。古华多罗与布拉度等人意识到，要彻底打败提坦斯，必须将提坦斯的罪行公诛于众，这样才能得到更多民众的支持。因此奥古决定占领正在达尔卡召开会议的议会，揭露提坦斯的罪行，强调奥古的立场。于是奥古军开始降下地球，11月16日在反联邦组织“卡巴拉”的协助下，古华多罗以武力进入达尔卡的联邦议会大厦，控制了转播系统后古华多罗恢复了夏亚的身份向全人类进行演说。与此同时，被提坦斯控制着大脑的凤，驾驶着巨型机动战士サイコ高达MK-2出现在了卡缪的面前，尊尼也率领他的部队袭来。サイコ高达MK-2是提坦斯开发的重型精神力高达，只有拥有NEW TYPE能力的机师才能驾驶，可以与驾驶员容为一体，使用了超厚的装甲，防御力极强，并且搭载了扩散麦加粒子炮，火力强劲，它是0087年战争中最强的机体。经过一场惊心动魄的激战后，凤终于恢复了意识，正要离开サイコ高达时，失去了所有战友的尊尼，看准了卡缪的全部精力都在凤的身上，向Z高达发出了致命的一击，意识到这一点的凤驾驶サイコ高达挡在了Z高达前，卡缪又一次目睹了自己最心爱的人在眼前死去。愤怒的卡缪向尊尼冲去，尊尼虽然侥幸逃脱，但坐机被卡缪打得支离破碎。
在听到夏亚的演讲后，整个地球圈的居民产生了强烈的反响，各地纷纷爆发大规模的反提坦斯运动。然而提坦斯依然毫不犹豫的进行残暴镇压，12月间，提坦斯用卫星炮和G3剧毒瓦斯毁灭了SIDE 2的数个殖民星，又一次使数百万人丧生。不久后，提坦斯的最高指挥官加米托夫海曼上将被斯洛哥刺杀，随后斯洛哥组成了新提坦斯部队，并与阿克西斯联手，准备与奥古决一胜负。
U.C.0088年2月22日，奥古终于与阿克西斯及提坦斯展开总决战！在这场空前惨烈的战争中，艾玛战死，尊尼被卡缪消灭，夏亚驾驶百式与哈曼驾驶的卡碧尼展开了激烈的战斗，百式被击毁，夏亚失踪。除了亚加玛号以外，三方的所有战舰几乎全被击沉，而斯洛哥最终被卡缪击毙。卡缪虽侥幸活了下来，但他的精神由于受到多次冲击，加之在战争中过度使用NEW TYPE能力而完全崩溃了。
战后，提坦斯被全歼，地球联邦政府重新掌握地球圈的统治权，阿克西斯由于元气大伤，只好离开了地球圈，奥古则留在了宇宙。布拉度指挥亚加玛号远离了地球圈，去寻找可以进行维修的殖民星。卡缪则由花园丽在地球精心的照顾，希望卡缪能早日好起来。表面看起来地球圈终于恢复了和平，但是动乱并没有因此而结束，新的战乱即将到来……
《机动战士高达Z》是所有高达作品中写的最为悲惨的一部，它将战争残酷的一面描写的淋漓尽致。卡缪无疑是这场战争的最大受害者，亲眼目睹了母亲和凤在眼前被杀，又亲手杀死了自己的父亲和罗莎美亚，他为人类的和平做出了巨大的贡献，但最后却落得如此下场。
