一般咸认为，“萌え”一字是由“燃え”所变化而来，来源是出自日文的IME输入法。“萌”本意是指读者在看到美少女角色时，产生一种热血沸腾的精神状态。热血类作品经常使用“燃烧”来形容这状态，用罗马拼音输入的话，就是“Mo E（も え）”。利用日文输入法的话，输入Mo E只会显示“燃え”和“萌え”。为了区分因为美少女而热血的状态，和传统的热血的分别，就借用同音的“萌え”来形容，并成为ACG界的一种网路黑语。
根据日本同人辞典，“萌”的来源还有其他说法。其中一个说法是出自1993年NHK放送的《天才电视君》的女主角“鹭傼萌(SAGISAWA．MOE)”主角在她有难的时候，会大叫她的名字“萌~！”一部份的迷因此而模仿。另一个说法是由TV动画《美少女战士SAILOR MOON S》中的土萌(TOMOE)萤出现等等说法。但现在却还没有一个是确定的，所以“燃え”、“萌え”的说法就成为现时最被接受的一套说法。
另一个说法则跟汉字的本身意义有关。根据《商务学生词典》，“萌”指草木发芽，及比喻事物的开始，所以用作“开始吸引目光”的“引伸义”也是有可能的。也有说是指看到美少女时，就如春天降临一样的感觉，而草木萌芽则在春天，因此就借用来代表这种“心花怒放”的状态。
当然，这仅是从日本方面来讲
