劇情簡介：
第一話 震驚!我與大姊姊是駕駛員
我名叫高屋法子，我的爸爸是宇宙船LUXION的艦長。從小我就一直想要當個宇宙駕駛員，能到宇宙去，這樣就可以永遠和爸爸爸在一起。突然，爸爸的船遇到宇宙怪獸被擊沈了，但我仍然決定進入沖繩宇宙女子高等學校。在那邊我遇到了大姊姊天野和美，她不但人長得漂亮個性又好，能跟她一起被選上成為RX計劃的一員，真是太棒了！只是三年級的柏原同學要找我單挑，這下該怎麼辦？
充滿了校園生活與熱血運動努力的第一話。
第二話 大膽!天才少女的挑戰!
法子終於來到宇宙了，我們遇到來自蘇俄號稱天才的容格，她居然想找大姊姊比高下，不過大姊姊才不會輸她呢。不過後來她跟我們和好了，還邀請我們參加她的生日宴會。這時外宇宙有神秘物體以光速接近，我和大姊姊被指派去確認這個物體。沒想到那東西是爸爸的船LUXION，爸爸在哪裡！我要去找他！
迷失在以太流動中剎那即為永恆的第二話。
第三話 初戀與初戰
新戰艦EXELION完成了，我們要去挑戰宇宙怪獸。亞空間的試膽大會讓我認識了一個帥哥史密斯，不過我駕駛機械兵器的技術太爛，大姊姊不要我和她搭檔，還好史密斯願意和我搭檔組隊。當EXELION抵達LEAF 64時，卻發現那邊已經被宇宙怪獸佔領，第一次上戰場讓我手足無措。史密斯，你在哪裡？
同時擁有初戀心動與初戰恐懼的第三話。
第四話 出動!未完成的最終兵器!
宇宙怪獸比我們想像的要強太多，而且史密斯也死了，都是法子我技術太糟才害死他的，教練，請你更嚴格的訓練我吧。準備返航地球的EXELION在亞空間前進時被宇宙怪獸們攻擊，這下糟了，會被怪獸們發現地球的位置的，我們一定要消滅牠們。GUNBUSTER！你是我們僅存的希望了。
將悲痛化為力量，GUNBUSTER大展神威的第四話。
第五話 拜託!把時間留給愛
終於回到地球，但是在地球上已經過了好多年，紀美子已成為一個孩子的媽媽了。教練病倒!?他得的是宇宙放射線病，只能再活半年。這時在雷王星外出現大量的宇宙怪物，唯一的方法是利用報廢的EXELION引發黑洞，將宇宙怪獸全部吸走。問題是這次的任務來回需要花上半年的時間，怎麼辦？我和大姊姊再也見不到教練了！
在人類存亡與個人愛情間做出抉擇的第五話。
第六話 在沒有終點漂流的盡頭
為了爭取人類的生存，我們開始執行救生船板(Carneades)計劃，直接進攻宇宙怪獸的巢穴——銀河系中心。我們的最終武器是BUSTER 3號機，利用木星壓縮製成的黑洞炸彈，在經過一場激烈的苦戰後，黑洞炸彈開始啟動。什麼！臨界值無法突破，沒辦法用內爆引發第三次陷縮！難道神捨棄了人類，奇跡沒有發生......不，我一定會讓奇跡發生的。GUNBUSTER，對不起了。
如史詩般決定生死存亡最終之戰的第六話。
