盗用疑惑
このアニメは放送開始日当初から、新世紀エヴァンゲリオン（放映：1995年、テレビ東京）との類似性が同作のファンから指摘され、開始当時のシリーズ構成・脚本を担当した山野辺一記（1話～15話）に対する批判が起こった。物語の設定やストーリー進行等において、エヴァンゲリオンに酷似した部分が多く、加えて、キャラクターデザインが平井久司と言う事もあり、一部の人達からは新世紀エヴァンゲリオン＋機動戦士ガンダムSEED＝「エヴァSEED」と呼ばれていた。また、物語中の敵性体であるフェストムの特徴、「全体で１つの意識を構成している」「個人という存在を理解できない」「文化や技術そのものを吸収同化していく」といった設定は、アメリカのSFドラマ「新スタートレック」に登場した人類最強の敵「ボーグ」と酷似している。
交代
12話から文芸統括担当の冲方丁が山野辺と連名で脚本に参加、15話終了を境にシリーズ構成・脚本は山野辺から冲方に交代し、山野辺はベースプランニング協力に配置換えとなる。16話以降は良くも悪くも説明口調の多い冲方節で展開され、冲方と山野辺の技量の差を垣間見ることとなる。結局いいところがないまま脚本を降ろされた山野辺だが、羽佐間翔子の死のタイミングについては絶妙であったとされている。
しかし、第1話からOA分全25話を見続けたファンにとってファフナーの物語は冲方が携わった12話が本当の第1話であり、山野辺単独脚本の1話から11話まではファフナーの黒歴史として認識されている。
スターチャイルドとの関係
佐藤竜雄の日記により、この作品における作画の乱れは「魔法先生ネギま!」とともに会社間の確執の原因と考えられている。
