字幕是sub文件，能直接压成内嵌字幕的rmvb或者flv吗

我现在有个sub的字幕，因为是日语的，转成文本格式的字幕太麻烦了，能不能压制时直接压成内嵌的rmvb或者flv？
其他文件是一个avi的视频文件，一个ac3的音频文件，我把这两个封装成了一个mkv，外挂sub字幕。播放时字幕没有问题。压制时字幕进不去。我也试过了把视频，音频，字幕一起封装成一个mkv，压制时，字幕也进不去。

高人们有什么办法吗？